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Biocomputing hub projects
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Analyses de données de ChIPseq
utilisation de la methode mIDR sur des données de Chip-Seq
Archivage de Gibio par software heritage
Indexation du site gitbio.ens-lyon.fr par software héritage
Analyse données de Ribosome profiling & RNA-seq
Calcule de la différence d’efficacité traductionelle entre deux conditions & peak calling sur des données de Ribo-seq
Understanding the origin of evolutionary innovation using water strider propelling fan as a model
Pipeline Hi-C et nf-core
Développement d’un pipeline Hi-C au format nf-core
Analyse ChIP-seq calibré
Refactoriser le code du pipeline nextflow de ChIP-seq calibré du LBMC
Recherche des chromosomes sexuels dans les espèces pseudosexuées Mesorhabditis
Recherche des chromosomes sexuels dans les espèces pseudosexuées Mesorhabditis
Recherche des séquences éliminées par clustering
Recherche des séquences éliminées dans le génome de M. belari par ratio de couverture et clustering
Détéction et quantification de foci de lésion d’ADN
Implémenter un script d’analyse d’images pour la détection et quantification automatisée de foci de lésion d’ADN, in vivo
Co-Encadrement de stage entre l’INSA-Lyon Biosciences et l’équipe Bernard
Refactoriser un pipeline d’analyse quantitative de ChIP-seq calibrée et analyses de données
Analyse différentielle d’expression en cellules uniques par les méthodes à noyau
Vers un package d’analyse différentielle d’expression en cellules uniques par les méthodes à noyau
RTqPCR raw data processing
Revamp R code doing RTqPCR raw data processing
Analyser de données de scRTqPCR
Analyser des données de scRTqPCR dans différents contextes biologiques
Traitement de données DamID-seq
Développement d’un pipeline de traitement de données DamID-seq
Impact des interactions fonctionnelles entre condensine et nucléosomes sur les chromosomes en mitose
Thèse bio-info en co-tutelle (Modolo/Bernard) visant à déterminer par des analyses multi-omiques l’impact des interactions fonctionnelles entre condensine et les nucléosomes sur l’organisation 3D des chromosomes en mitose
Développement d’un pipeline d’analyse de ChIP-seq calibré
Développer un pipeline d’analyse de ChIP-seq calibré (quantitatif)
Identifier un partenariat ou un antagonisme fonctionnel entre diverses RBP
Définir un modèle statistique permettant d’identifier in silico un partenariat ou au contraire un antagonisme fonctionnel entre diverses RBP
Exploration of how genetic variation affects chromatin conformation and its impact on gene expression
Assist the development of a pipeline that calls the genetic variants between two haplotypes, constructs the haplotype specific references, maps the Hi-C and RNA-seq data onto the custom reference sequences, estimates haplotype specific gene expression and chromatin contacts
Contamination au saumon des souches de levures de laboratoire
Développer un pipeline pour mapper des reads sur un metagenome constitué du genome du Saumon et de S. cerevisiae.
Développement d’un programme permettant de savoir si un jeu d’exons se concentre au sein des même isochores TAD ou LAD
Développement d’un programme d’analyse statistiques permettant de savoir si un jeu d’exons se concentre significativemebt au sein des même isochores TAD ou LAD
Développement d’un outil informatique capable de séparer les reads en function de barcodes utilisés
Développement d’un programme séparant les reads en function de barcodes définis par l’utilisateur pour des données single-end et paired-end et tolérant les mismatchs selon la qualité de séquençage
Analyse de données RNA-seq et ChIP-seq en se focalisant sur les tRNA/tDNA
Développer un pipeline d’analyse pour quantifier les tRNAs et en mesurer la longueur en aval du terminateur canonique en utilisant des jeux de RNA-seq dédiés. Ré-analyser des données de ChIP-seq publiées en se focalisant sur les tDNAs