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Creation and deployment of a Shiny server for an application linked to Nanopore sequencing analyses

NGS
Team Regards
nanoport
R
Shiny
pending approval
Cyril BOURGEOIS
Jan 31, 2025
Stéphane Janczarski, Cyril Bourgeois, William Desaintjean

 

Design of synthetic DNA sequences with generative AI

NGS
Team Piazza
IA
pending approval
Aurèle Piazza
Jan 31, 2025
Aurèle Piazza, Romain Bulteau, Ghislain Durif, Laurent Modolo

 

Implement AI analysis of chromosome condensation

Imaging
Python
Team Bernard
IA
pending approval
Quantifying spatial dependence in Genomic data with the Hawkes process
Jan 17, 2025
Esthere Toselli, Pascal Bernard, David Cluet, Ghislain Durif, Laurent Modolo

 

Kimono: An interface to create kinetic models of assembly and function of macromolecular complexes.

Team DAMM
ongoing
Riccardo Pellarin and Gullaume Launay
Sep 16, 2024
Riccardo Pellarin, Guillaume Launay, Juliette Martin, Paulo Telles de Souza

 

Développement d’un pipeline d’alignement et filtrages des données de contact Hi-C

Hi-C
Team Piazza
done
co-encadrement
[Mechanism of homology search expansion during recombinational DNA break repair in Saccharomyces…
Jun 4, 2024
Aurèle Piazza, Nicolas Mendiboure, Laurent Modolo

 

Implémentation d’un module UMI dans le pipeline Multi-Contact 4C (MC-4C)

4C
Hi-C
Team Regards
ongoing
Dans le cadre de la thèse de Mateo Bazire, nous développons une approche de multi-contact 4C (MC-4C) qui vise à cartographier les contacts chromatiniens entre le provirus…
Jun 4, 2024
Franck Mortreux, Mateo Bazire, Nicolas Fontrodonas, Laurent Modolo

 

Design annealing oligonucleotides for ssHi-C

Programming
Team Piazza
done
design
private link
Jun 4, 2024
Aurèle Piazza, Nicolas Mendiboure, Laurent Modolo

 

Evolutions of the Martini Database Webservice @ LBMC

webapp
Team DAMM
ongoing
transfert du serveur web MAD, conçu l’année dernière, dans l’infrastructure informatique de l’ENS/LBMC
Apr 2, 2024
Guillaume Launay, Stéphane Janczarski, Paulo Telles De Souza

 

Characterize inter-individual aging in C. elegans

RNA-Seq
co-encadrement
Francesconi Team
done
Co-Supervision of Victor Cat internship
Jan 17, 2024
Cat Victor, Mirko Francesconi, Laurent Modolo

 

Hawkes processes for Genomic data

NGS
R
Team SBDM
done
Quantifying spatial dependence in Genomic data with the Hawkes process
Jan 1, 2024
Franck Picard, Laurent Modolo

 

Développement d’un pipeline Nextflow d’analyses transcriptomiques à partir de données Nanopore

done
nanoport
Team Regards
Accompagnement de William Desaintjean
Nov 22, 2023
Cyril Bourgeois, William Desaintjean, Mia Croiset, Laurent Modolo

 

Refactoring du pipeline Nextflow scan10

done
scRNAseq
Team SBDM
The project is stoped due other priorities for Benoit Samson.
Nov 22, 2023
Franck Picard, Benoit Samson, Mia Croiset, Nicolas Fontrodona

 

Analyses de données de ChIPseq

ongoing
ChIP-seq
Team Palladino
R
utilisation de la methode mIDR sur des données de Chip-Seq
Sep 21, 2023
Laurent Modolo, Cécile Bedet

 

Archivage de Gibio par software heritage

Team Biocomputing Hub
done
Indexation du site gitbio.ens-lyon.fr par software héritage
Sep 4, 2023
Laurent Modolo, Stéphane Janczarski

 

Analyse données de Ribosome profiling & RNA-seq

Ribosome profiling
RNA-seq
done
Team RMI2
Calcul de la différence d’efficacité traductionelle entre deux conditions & peak calling sur des données de Ribo-seq
Jun 16, 2023
Emiliano Ricci, Nicolas Fontrodona

 

optimisation de protocole pour l’expression et de la purification de protéine

IA
Team PRIO
ongoing
protein
protocole optimisé d’expression et de purification de protéine basé sur la séquence d’acides aminé des protéines
Jun 16, 2023
Vincent Mocquet, Stéphane Réty, Ghislain Durif, Laurent Modolo

 

NanoMeth

NGS
Nanopore
methylation
Team Jost
Team GCLS
ongoing
pipeline d’analyse de données de méthylation nanopore
Jun 16, 2023
Daniel Jost, Gaël Yvert, Laurent Modolo, Léo Tarbouriech

 

First analyses of microcolony RNA-seq data

Team GCLS
done
NGS
RNA-seq
Mars-Seq
Fabien Duveau, team “Genetic complexity of living systems”
Jun 13, 2023
Fabien Duveau, Ghislain Durif, Laurent Modolo

 

Guacamole: Intelligence artificielle pour l’étude de l’initiation de la réplication

Team Jost
done
ANR project
Développement d’un modèle de ddep learning pour la prédiction de l’initiation de la réplication de l’ADN
Mar 14, 2023
Jean-Michel Arbona, Ghislain Durif

 

Understanding the origin of evolutionary innovation using water strider propelling fan as a model

scRNA-seq
EvoDevo
Francesconi Team
done
Mirko Francesconi
Jan 24, 2023
Laurent Modolo, Mirko Francesconi, Arnaud Badiane

 

Analyse données de Ribosome profiling

Ribosome profiling
Team RMI2
published
Pré-traitement et alignement de données de Ribosome profiling pour visualisation sur IGV
Jan 4, 2023
Emiliano Ricci, Nicolas Fontrodona

 

Pipeline Hi-C et nf-core

Hi-C
Nextflow
nf-core
ongoing
Développement d’un pipeline Hi-C au format nf-core
Dec 20, 2022
Mia Croiset, Laurent Modolo, Daniel Jost, Franck Mortreux

 

Site du BioComputing hub

Team Biocomputing Hub
Développement d’un site listant les projects soumis au BioComputing Hub et migration des anciennes demande de projects sur ce site
Dec 6, 2022
Nicolas Fontrodona, Ghislain Durif, Laurent Modolo

 

Analyse ChIP-seq calibré

Team Bernard
Nextflow
ChIP-seq
published
Refactoriser le code du pipeline nextflow de ChIP-seq calibré du LBMC
Nov 9, 2022
Pascal Bernard, Léonard Colin, Laurent Modolo

 

Recherche des chromosomes sexuels dans les espèces pseudosexuées Mesorhabditis

methdology development
Team Delattre
done
Recherche des chromosomes sexuels dans les espèces pseudosexuées Mesorhabditis
Oct 21, 2022
Marie Delattre, Laurent Modolo

Recherche des séquences éliminées par clustering

methdology development
Team Delattre
done
Recherche des séquences éliminées dans le génome de M. belari par ratio de couverture et clustering
Oct 21, 2022
Marie Delattre, Laurent Modolo, Ghislain Durif

 

Inférence Réseaux de Régulation Géniques

scRNA-seq
Team SBDM
Inférer des Réseaux de Régulation Géniques (GRNs) à partir de données d’expression sen cellules uniques
Sep 8, 2022
Olivier Gandrillon, Laurent Modolo

 

Détéction et quantification de foci de lésion d’ADN

software development
image processing
Team Bernard
Implémenter un script d’analyse d’images pour la détection et quantification automatisée de foci de lésion d’ADN, in vivo
Jul 28, 2022
Pascal Bernard, Jérémy Lebreton, David Cluet

 

Co-Encadrement de stage entre l’INSA-Lyon Biosciences et l’équipe Bernard

Nextflow
ChIP-seq
co-encadrement
Team Bernard
Refactoriser un pipeline d’analyse quantitative de ChIP-seq calibrée et analyses de données
Jul 28, 2022
Pascal Bernard, Laurent Modolo

 

Analyse différentielle d’expression en cellules uniques par les méthodes à noyau

software development
R
Python
Team SBDM
published
Vers un package d’analyse différentielle d’expression en cellules uniques par les méthodes à noyau
Jul 1, 2022
Franck Picard, Anthony Ozier-Lafontaine, Ghislain Durif

 

RTqPCR raw data processing

software development
R
Team SBDM
scRTqPCR
Revamp R code doing RTqPCR raw data processing
Jul 1, 2022
Ghislain Durif, Olivier Gandrillon, Elodie Vallin

 

Analyse de l’intéraction entre génotype et environment

RNA-seq
co-encadrement
Team GCLS
done
Modèles, simulation et pipeline d’analyse pour quantifier l’interaction entre Génotype et Environment à partir de données massives de RNA-seq.
May 31, 2022
Fabien DUVEAU, Arnaud Duvermy, Gaël Yvert, Laurent Modolo

 

Outil de sauvegarde incrémentielle des résultats

Team Biocomputing Hub
done
Développement d’un outil permettant de réaliser des sauvegardes incrémentielles du dossier results pour les projects (bio)informatique
May 10, 2022
Nicolas Fontrodona, Laurent Modolo

 

Traitement de données DamID-seq

Nextflow
DamID-seq
Team GCLS
Développement d’un pipeline de traitement de données DamID-seq
Jan 5, 2022
Daniel Jost, Nathan Lecouvreur, Noémie Quesnel, Gaël Yvert, Laurent Modolo

 

Analyse de données MNase-seq et ChIP-seq

MNase-seq
ChIP-seq
Team Bernard
published
Analyse de données MNase-seq et ChIP-seq pour étudier le fonctionement de la condensine en mitose. Soumission de manuscrit en urgence
Sep 28, 2021
Pascal Bernard, Léonard Colin, Esther Toselli, Laurent Modolo

 

Activation de la fonctionnalité gitlab pages

Team Biocomputing Hub
Activation de la fonctionnalité gitlab pages afin de générer des sites statiques
Jun 16, 2021
Laurent Modolo, Stéphane Janczarski

Impact des interactions fonctionnelles entre condensine et nucléosomes sur les chromosomes en mitose

MNase-seq
ChIP-seq
Hi-C
co-encadrement
Team Bernard
Thèse bio-info en co-tutelle (Modolo/Bernard) visant à déterminer par des analyses multi-omiques l’impact des interactions fonctionnelles entre condensine et les nucléosomes sur l’organisation 3D des chromosomes en mitose
May 26, 2021
Pascal Bernard, Léonard Colin, Esther Toselli, Arnaud Duvermy, Laurent Modolo

 

Adapter le pipeline ChIP-seq calibré pour des données brin spécifique

ChIP-seq
Nextflow
Team Bernard
done
Modifier le pipeline d’analyse de ChIP-seq quantitative pour des données qui sont brin spécifiques (kit Accel-1Splus)
May 7, 2021
Vincent Vanoosthuyse, Laurent Modolo

Modélisation de la distribution des ribosomes

Ribosome profiling
Machine learning
Team RMI2
Mise en place d’une analyse de type Machine learning permettant de modéliser la distribution des ribosomes dans les fractions monosome et polysome
Apr 27, 2021
Emiliano Ricci, David Cluet, Laurent Modolo

 

Développement d’un pipeline d’analyse de ChIP-seq calibré

ChIP-seq
Nextflow
Team Bernard
published
Développer un pipeline d’analyse de ChIP-seq calibré (quantitatif)
Jan 27, 2021
Pascal Bernard, Léonard Colin, Esther Toselli, Laurent Modolo

 

Identification de mutations affectant la variabilité d’expression par BSA-Seq.

co-encadrement
BSA-Seq
Team GCLS
This project lead to the development of a dedicated pipline by a student available at the following url:
Jun 18, 2020
Fabien DUVEAU, Julie Kleine-Schultjann, Laurent Modolo

 

Suivi des sources radioactives et de leurs déchets

software development
Team EZF
Développement d’un outil informatique permettant le suivi en temps réel des sources radioactives et de leurs déchets
Mar 15, 2020
Matthieu Caron, David Cluet

 

Mémoire transcriptionnelle et épigénétique au cours des divisions cellulaires

software development
MARS-seq
Team SBDM
published
Etude de la variation de l’expression des gènes entre des cellules dont la généalogie est identifiée au cours du processus de différenciation érythrocytaire.
Mar 9, 2020
Camille Fourneaux, Margaux Prieux, Olivier Gandrillon, Sandrine Giraud, Laurent Modolo

 

Identifier un partenariat ou un antagonisme fonctionnel entre diverses RBP

software development
statistical analysis
Team Regards
Définir un modèle statistique permettant d’identifier in silico un partenariat ou au contraire un antagonisme fonctionnel entre diverses RBP
Jan 1, 2020
Cyril Bourgeois, Hélène Polveche, Laurent Modolo, Nicolas Fontrodona

 

Impact de la traduction sur la dégradation des ARNm

Modelling
Team RMI2
published
Identification de codons (ou d’autres caractéristiques des transcrits) impliqués dans le mécanisme de dégradation traduction-dépendant
Jan 1, 2020
Emiliano Ricci, Emmanuel Labaronne, David Cluet, Laurent Modolo

 

Identifier le regroupement physique de gènes en réponse à l’activation de la voir NF-𝛋B.

4C
Team Regards
done
Identifier par 4C quels sont les gènes regroupés aux gènes répondeurs à NF-𝛋B sous une activation par le TNF-α ou l’oncogène TAX du virus HTLV-1
Jan 1, 2020
Franck Mortreux, Paul Marie, Laurent Modolo

 

Exploration of how genetic variation affects chromatin conformation and its impact on gene expression

Nextflow
Francesconi Team
Assist the development of a pipeline that calls the genetic variants between two haplotypes, constructs the haplotype specific references, maps the Hi-C and RNA-seq data onto the custom reference sequences, estimates haplotype specific gene expression and chromatin contacts
Nov 28, 2019
Francesconi Mirko, Laurent Modolo

 

Contamination au saumon des souches de levures de laboratoire

ChIP-seq
RNA-seq
Nextflow
co-encadrement
Team GCLS
Développer un pipeline pour mapper des reads sur un metagenome constitué du genome du Saumon et de S. cerevisiae.
May 9, 2019
Gael Yvert, Lauren Picard, Laurent Modolo

 

Développement d’un programme permettant de savoir si un jeu d’exons se concentre au sein des même isochores TAD ou LAD

Ribosome profiling
RNA-seq
software development
Team Regards
Développement d’un programme d’analyse statistiques permettant de savoir si un jeu d’exons se concentre significativemebt au sein des même isochores TAD ou LAD
Dec 4, 2018
Didier Auboeuf, Jean-Baptiste Claude, Sébastien Lemaire, Laurent Modolo

 

Développement d’un outil informatique capable de séparer les reads en function de barcodes utilisés

Ribosome profiling
RNA-seq
Team RMI2
Développement d’un programme séparant les reads en function de barcodes définis par l’utilisateur pour des données single-end et paired-end et tolérant les mismatchs selon la qualité de séquençage
Dec 3, 2018
Emmanuel Labaronne, Laurent Modolo

 

Développement d’un pipeline d’Analyse ChIP-seq

ChIP-seq
Team Palladino
paused
développer un pipeline pour l’analyse de données ChIP-Seq afin d’identifier la distribution génomique de la triméthylation de H3K4 (H3K4me3) dans la lignée germinale de *C.elegans
Aug 21, 2018
Cécile Bedet, Laurent Modolo

 

Analyse de données RNA-seq et ChIP-seq en se focalisant sur les tRNA/tDNA

RNA-seq
ChIP-seq
Team Bernard
Développer un pipeline d’analyse pour quantifier les tRNAs et en mesurer la longueur en aval du terminateur canonique en utilisant des jeux de RNA-seq dédiés. Ré-analyser des données de ChIP-seq publiées en se focalisant sur les tDNAs
Jul 16, 2018
Vincent Vanoosthuyse, Laurent Modolo

 

Analyse de données brutes obtenues par le cytomètre VYB Masquant

R
Team PRIO
Modification de scripts R permettant l’analyse systématique des fichiers de données brutes obtenus sur le cytomètre VYB Masquant afin de mieux normaliser les données
Oct 24, 2017
Pierre Jalinot, Armelle Roisin, Laurent Modolo
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