Results
The project lead to the development of an R package available here:
Porteur du project
Pierre Jalinot (DR)
Armelle Roisin (IE)
Personnes impliquées
Pierre Jalinot (DR)
Armelle Roisin (IE)
Laurent Modolo (IR)
Problématique biologique
La régulation de la stabilité des protéines est impliquée dans de nombreux événements cellulaires. Elle permet une réponse rapide à des signaux extracellulaires. La dégradation ou la stabilisation de chaque protéine est régulée spécifiquement. Connaître précisément les mécanismes de cette régulation présente un intérêt pour la recherche fondamentale mais aussi pour la découverte de nouvelles cibles thérapeutiques. Nous avons choisi de mettre au point une technique permettant l’analyse de la stabilité de protéine de façon fiable et rapide. Notre première étude se portera sur la protéine TAL1. Cette protéine est impliquée dans le développement des leucémies aiguës des cellules T (T-ALL). Les chimiothérapies utilisées actuellement sont variées et permettent une rémission complète dans 80 % des cas. Cependant, les lourds effets secondaires et le développement de formes résistantes aux drogues imposent de trouver de nouveaux traitements. Dans ce contexte, le développement de techniques permettant d’isoler de nouvelles molécules performantes pour l’éradication des cellules cancéreuses mais non toxiques pour l’homme, est pertinent.
Notre approach a été réalisée en établissant des lignées de lymphocyte T (Jurkat) exprimant deux protéines fluorescentes : GFP et RFP fusionnée à notre protéine, à partir du même ARNm (utilisation de “self cleaving sequences”). Le Ratio de fluorescence RFP sur GFP permet d’évaluer la stabilité de la protéine fusionnée à RFP.
Questions
Recherche de molécubles chimiques capables d’induire la dégradation de la protéine TAL1 dans une lignée lymphocytaire, de façon rapide, statistiquement fiable et sans toxicité pour la cellule.
Données
Nous avons validé notre technique d’analyse de stabilité de protéines en cytométrie, en testant l’effet du MG132 (ihibiteur de la dégradation protéique par le protéasome) sur la protéine RFP-TAL1. Le ratio RFP/GFP augmente dans la lignée Jurkat GpR-TAL1 traitées au MG132.
Données de fluorescence (FACS) à deux caneaux (RFP et GFP). Pour chacune des N drogues, 10000 cellules sont mesurées. La lecture des plaques de 96 puits est ponctuée de puits de cellules témoins, sans drogue.
Date
La date du début du project : Novembre 2017
La date d’obtention des données : Novembre 2017
La date d’obtention de l’intégralité des données : premier semestre 2018
La date souhaitée de fin du project : juin 2018
Attentes
Modification du système de scripts R développé par Claire Burny permettant l’analyse systématique des fichiers de données brutes obtenus sur le cytomètre VYB Masquant.
Ces modifications ont pour but de mieux normaliser les données afin de pouvoir effectuer un test robuste sur l’effet des drogues.
L’ensemble de scripts sera contenu dans une machine virtuelle de type vagrant pour être facilement réutilisable par l’équipe. permettant l’analyse systématique des fichiers de données brutes obtenus sur le cytomètre VYB Masquant