Analyse de données RNA-seq et ChIP-seq en se focalisant sur les tRNA/tDNA

Développer un pipeline d’analyse pour quantifier les tRNAs et en mesurer la longueur en aval du terminateur canonique en utilisant des jeux de RNA-seq dédiés. Ré-analyser des données de ChIP-seq publiées en se focalisant sur les tDNAs
RNA-seq
ChIP-seq
Bernard Team
Authors

Vincent Vanoosthuyse

Laurent Modolo

Published

July 16, 2018

Results

This project was handle by a group of M1 student from Lyon1 report

Porteur du project

Vincent Vanoosthuyse, équipe Bernard

Personnes

Vincent Vanoosthuyse

Problématique biologique

Démontrer que l’hélicase Sen1 participe à la terminaison de la transcription aux gènes transcrits par RNAP3 chez S. pombe.

Questions

1. Développer un pipeline d’analyse pour quantifier les tRNAs et en mesurer la longueur en aval du terminateur canonique en utilisant des jeux de RNA-seq dédiés (triplicats biologiques). Comparer quantité et longueur des tRNAs entre sauvage et mutant de l’hélicase Sen1.

2. Ré-analyser des données de ChIP-seq publiées en se focalisant sur les tDNAs, en prenant en compte le fait que ce sont des séquences répétées.

Données

Plusieurs jeux de RNA-seq sont disponibles (single-end 1*75 bp ou paired-end 2*75 bp). Les banques de séquençage ont été préparées par ligation directe d’un adaptateur en 3’ après ribodéplétion. Une analyse prélimiaire suggère que 60% des reads dans ces banques correspondent à des tRNAs. Les jeux de ChipSeq correspondent aux numéros d’accessions suivants: SRX1997735, SRX1997734, SRX691441, SRX674037, SRX674035, SRX674033 et SRX674032.

Date

La date du début du project: Novembre 2017
La date d’obtention des données: Avril 2018 (séquençage single-end)
La date d’obtention de l’intégralité des données: Juillet 2018 (séquençage paired-end)
La date souhaitée de fin du project: fin Octobre 2018

Attentes

Aider à établir une stratégie d’analyse performante qui prend en compte la nature répétée des tRNAs.