Développement d’un programme permettant de savoir si un jeu d’exons se concentre au sein des même isochores TAD ou LAD

Results

Interplay between coding and exonic splicing regulatory sequences

Porteur du project

Didier Auboeuf.

Personnes

Jean-Baptiste Claude, Sébastien Lemaire, Didier Auboeuf.

Problématique biologique

Déterminer si des jeux d'exons particuliers sont au sein des mêmes isochores, TADs et/ou LADs.

Questions

Nous avons défini des listes d'exons étant régulés par 33 facteurs d'épissage différents ainsi que leur appartenance à des isochores, TADs ou LADs. Nous aimerions savoir si des exons régulés par un même facteur d'épissage ont une probabilité plus importante qu'au hasard, d'être présents dans le même isochore, le même TAD ou le même LAD.

Données

Table indiquant, pour chaque exon du génome humain s'il appartient à tel ou tel isochore, LAD et TAD. Liste des exons régulés par chaque facteur d'épissage.

Date

La date du début du project: 10/12/2018
La date d’obtention des données: 6/12/2018
La date d’obtention de l’intégralité des données. 6/12/2018
La date souhaitée de fin du project. 28/12/2018

Attentes

Analyse statistique.