Identifier le regroupement physique de gènes en réponse à l’activation de la voir NF-𝛋B.

Identifier par 4C quels sont les gènes regroupés aux gènes répondeurs à NF-𝛋B sous une activation par le TNF-α ou l’oncogène TAX du virus HTLV-1
4C
Team Regards
done
Authors

Franck Mortreux

Paul Marie

Laurent Modolo

Published

January 1, 2020

Progres

The project is published.

Porteur du project

Franck Mortreux

Personnes

Franck Mortreux, Paul Marie

Problématique biologique

Identifier le regroupement physique de gènes en réponse à l’activation de la voir NF-𝛋B dans des contextes physiologiques et pathogènes.

Questions

Identifier par 4C quels sont les gènes regroupés aux gènes répondeurs à NF-𝛋B sous une activation par le TNF-α ou l’oncogène TAX du virus HTLV-1

Données

Nous avons les données de 4C pour 40 viewpoints dans 4 conditions expérimentales distinctes (CTL, TAX, TNF-α, et TAXM22 (mutant déficient dans l’activation de NF-𝛋B).

Date

La date du début du project : 01/01/2020
La date d’obtention des données : 15/06/2020
La date d’obtention de l’intégralité des données.
La date souhaitée de fin du project : 1/09/2020

Attentes

Nous avons identifié 3 pipelines d’analyses r3Cseq (near-cis contacts), Basic4Cseq (near-cis, far and trans-contacts) et 4C-pipe (near-cis). Chaque pipeline est opérationnel au labo. Nous voudrions automatiser leur utilisation (qsub, nexflow) pour la comparison des 4 conditions entre elles pour les 40 viewpoints. Laurent serait impliqué dans l’accompagnement de Franck et Paul pour la translation de ces 3 pipelines en nextflow.