Results
The pipeline is available on the accel_1splus branch of the following repository
https://gitbio.ens-lyon.fr/LBMC/Bernard/chipseq/-/tree/accel_1splus
The pipeline is the same as the https://gitbio.ens-lyon.fr/LBMC/Bernard/chipseq/ project with the following additions:
- A
fastqc_fastq.nfsubworkflow to remove the accel_1splus adapters from the raw fastq file along the QC analysis - A
samtools_split.nfsubworkflow to split the raw bam files into forward and reverse reads.
To do
- Test the pipeline with the new strand specific data
Porteur du project
Vincent Vanoosthuyse (équipe Bernard)
Personnes
Vincent Vanoosthuyse
Problématique biologique
Modifier le pipeline d’analyse de ChIP-seq quantitative pour des données qui sont brin spécifiques (kit Accel-1Splus)
Questions
Comment normaliser au mieux des données de ChIP-seq quantitative où la préférence de brin d’ADN a été conservée?
Données
Je dispose déjà de 6 échantillons biologiques indépendants de DNA:RNA IP (DRIP)-seq quantitative et brin-spécifique. D’autres échantillons sont en cours de préparation pour l’été 2021.
Date
La date du début du project: dès que possible
La date d’obtention des données: déjà disponibles
La date d’obtention de l’intégralité des données: début Juillet 2021.
La date souhaitée de fin du project: Août 2021.
Attentes
Décrivez les missions que devront pour vous remplir le ou les bioinformatitiens dans ce project.
Adapter le pipeline existent au kit Accel-1Splus: trimming en respectant les conditions Accel-1Splus (option ----fastp_protocol "accel_1splus" du pipeline existent), mapping, normalisation, statistiques, séparation des fichiers .bam en function des brins d’origine (c’est-à-dire intégrer le pipeline split_bams_stranded.nf au pipeline existent), normalisation de ces données brin-spécifiques par le facteur de normalisation déterminé précédemment. En sortie, fichiers .bigwig normalisés pour chaque brin. Alternativement, trouver une autre méthode de normalisation.