Porteur du projet

Olivier Gandrillon

Personnes

Olivier Gandrillon, Elodie Vallin

Problématique biologique

Analyser des données de scRTqPCR dans différents contextes biologiques

Questions

Réécrire proprement un script d'analyse de données Biomark

Données

Nous disposons de multiples jeux de données de scRTqPCR au sein de l'équipe

Date

La date du début du projet.: ASAP
La date d’obtention des données: existantes
La date souhaitée de fin du projet: pas urgent

Attentes

L'équipe travaille depuis longtemps à générer et analyser des données de scRTqPCR (données d'expression de gènes en cellules unique par RT-PCR quantitative)

Ces données sont produites par l'utilisation du système Biomark. L'enjeu consiste à traiter les données en sortie de la machine pour produire des matrices de comptages Gènes x Cellules.

Nous utilisons pour ce faire un script sous R qui a été construit par additions successives. L'enjeu consiste à le refondre entièrement et proprement en intégrant notamment des alarmes dédiées lorsque la structure du fichier en entrée ne correspond pas.