Implémenter un script d’analyse d’images pour la détection/quantification automatisée de foci de DNA damage, in vivo
Porteurs du projet
Jérémy LEBRETON et Pascal BERNARD
Personnes
David CLUET, Jérémy LEBRETON et Pascal BERNARD
Problématique biologique
Nous cherchons à comprendre les interactions fonctionnelles entre condensine et les composants de la chromatine (protéines et ARNs) qui sous-tendent l’assemblage des chromosomes mitotiques et leur transmission fidèle. Dans le cadre de son travail de thèse, Jérémy a mis en évidence un rôle commun pour condensine et la ribonucléase Rrp6 dans la préservation de l’intégrité structurale des répétitions de l’ADN ribosomique durant la mitose. Ses données pointent vers un possible lien avec la réparation des dommages à l’ADN. Pour tester cela, nous souhaitons mesurer la fréquence des foci Rad52-GFP (proxy pour le DNA damage chez S. pombe) dans les noyaux des cellules WT ou mutantes pour condensine et/ou rpp6 (WT vs simple-mutants vs double-mutants). Les cellules sont fixées, l’ADN coloré au DAPI et les foci Rad52-GFP émergeant du bruit de fond nucléaire sont détectés. Une expérience pilote menée par Jérémy a révélé un fort risque de biais de subjectivité associé à une analyse manuelle des images. Nous sollicitons donc l’expertise de David pour la rédaction d’un script permettant une analyse automatisée des images collectées par Jeremy.
Objectifs
Rédaction d’un script permettant la détection de foci fluorescents dans le noyau de cellules à partir d’images de microscopie.
- définition d’une région d’intérêt (ROI) à partir du signal DAPI
- élimination du bruit de fond GFP
- détection/comptage des foci GFP persistant dans la ROI.
Nous avons pris contact avec David et lui avons montré nos images. Le rapport signal/bruit est compatible avec un traitement automatisé des images. Il pense pouvoir adapter un script préexistant en une à deux semaines.
Données disponibles dans l’équipe
Collection d’images de cellules WT, condensine et Rrp6-degron (simple et doubles mutantes) exprimant Rad52-GFP et colorées au DAPI.
Date
Du 4 au 18 juillet 2022.