Porteur du projet
Emiliano Ricci.
Personnes
Nicolas Fontrodona, Emiliano Ricci.
Problématique biologique
Lors de l’infection par le virus Sindbis, la protéine ASCC3 (formant partie d’un complexe impliqué dans la dissociation de ribosomes en collision) est recrutée sur les ribosomes et joue un rôle pro-viral d’après nos données fonctionelle. Cependant, nous ignorons si ASSC3 est impliquée directement dans la régulation de la traduction des transcrits viraux ou celle de certains transcrits cellulaires.
Afin de mieux comprendre le rôle de cette protéine lors du cycle de réplication, nous avons réalisé une expérience d’immunoprécipitation des ribosomes associés avec ASCC3, suivie par la préparation de banques de ribosome profiling. Cette expérience devrait nous permettre d’identifier la position exacte des ribosomes ayant recruté ASCC3 et de comprendre les déterminants moléculaires de ce recrutement.
Questions
Quels sont les transcrits traduits par les ribosomes associés à ASCC3 et la position exacte de ces ribosomes le long de la région codante de ces transcrits?
Données
Nous avons à disposition des fichiers FASTQ correspondant aux reads de ribosome profiling totaux (en cellules infectées et non infectées), ou des ribosomes associés à ASCC3. Nous souhaitons enlever les barcodes et adaptateurs et mapper les reads sur le transcriptome humain et celui du virus Sindbis.
Date
La date du début du projet: dès que possible.
La date d’obtention des données: décembre 2022.
La date d’obtention de l’intégralité des données: décembre 2022.
La date souhaitée de fin du projet: 15/02/2023.
Attentes
Nous souhaitons que Nicolas Fontrodona réalise le préprocessing et l’alignement des reads de ribosome sur le transcriptome humain et celui du virus Sinbis.