Porteur du projet

Cyril Bourgeois

Personnes

William Desaintjean, Mia Croiset, Laurent Modolo

Problématique biologique

Extraire des informations concernant les variations d’épissage alternatif et de polyadénylation alternative à partir de données de RNA-seq Nanopore (RNA direct et cDNA).

Questions

Peut-on optimiser les outils existants d’analyse de séquençage Nanopore pour leur permettre de décoder un panorama le plus complet possible des variations qualitatives et quantitatives du transcriptome codant et non-codant (lncRNA)?

Données

Données de séquençage Nanopore d’ARN et de cDNA, à partir d’échantillons d’origine murine (collaboration avec Mario Gomes-Pereira, Institut de Myologie, Paris, ANR ASTROMYOD). Il est probable que d’autres données soient générées dans un deuxième temps.

Dates

La date du début du projet. Décembre 2023 / Janvier 2024
La date d’obtention des données: premières données attendues en Décembre 2023
La date d’obtention de l’intégralité des données: printemps 2024
La date souhaitée de fin du projet: Juin 2024

Attentes

Aider William a installer et modifier un pipeline nf-core existant, pour y intégrer des modules d’analyse quantitative d’épissage, de polyadénylation (extrémité 3’), et d’identification de transcrits fusion. D’autres modules pourront être ajoutés, en fonction des besoins.

EDIT November 2024

Modules installés

Stringtie2 et FLAIR pour l’extraction des variations d’épissage alternatif
Nanopolish pour la polyadénylation alternative
Correction de l’outil JAFFAL pour la fusion des gènes

Données analysées

Données de séquençage Nanopore d’ARN et de cDNA : analyse terminée en juin 2024.

Nouvelles données de RNAseq (ce qui fonctionne le mieux entre cDNA et RNA selon les analyses) attendues en fin d’année.