Porteur du projet

Cyril Bourgeois

Personnes

William Desaintjean, Mia Croizet, Laurent Modolo

Problématique biologique

Extraire des informations concernant les variations d’épissage alternatif et de polyadénylation alternative à partir de données de RNA-seq Nanopore (RNA direct et cDNA).

Questions

Peut-on optimiser les outils existants d’analyse de séquençage Nanopore pour leur permettre de décoder un panorama le plus complet possible des variations qualitatives et quantitatives du transcriptome codant et non-codant (lncRNA)?

Données

Données de séquençage Nanopore d’ARN et de cDNA, à partir d’échantillons d’origine murine (collaboration avec Mario Gomes-Pereira, Institut de Myologie, Paris, ANR ASTROMYOD). Il est probable que d’autres données soient générées dans un deuxième temps.

Date

La date du début du projet. Décembre 2023 / Janvier 2024
La date d’obtention des données: premières données attendues en Décembre 2023
La date d’obtention de l’intégralité des données: printemps 2024
La date souhaitée de fin du projet: Juin 2024

Attentes

Aider William a installer et modifier un pipeline nf-core existant, pour y intégrer des modules d’analyse quantitative d’épissage, de polyadénylation (extrémité 3’), et d’identification de transcrits fusion. D’autres modules pourront être ajoutés, en fonction des besoins.