Refactoring du pipeline Nextflow scan10

ongoing
scRNAseq
SBDM Team
Authors

Franck Picard

Benoit Samson

Mia Croiset

Nicolas Fontrodona

Published

November 22, 2023

Porteur du projet

Franck Picard

Personnes

Benoit Samson, Mia Croiset, Nicolas Fontrodona

Problématique biologique

Scan10 répond à la nécessité de traiter des données single-cell (produites par ou fournies pour) l’équipe SBDM. C’est un pipeline nextflow créé de toute pièce par un ancien membre du SBDM.

Questions

Dans son état actuel, scan10 est-il aux normes de qualité du Hub pour permettre sa diffusion et son utilisation à des équipes en dehors de l’ENS ? Les mesures correctives prendraient-elles du temps à être mises en place ?

Données

Scan10 est disponible sous la forme d’un projet public sur le gitbio de l’ENS: https://gitbio.ens-lyon.fr/LBMC/sbdm/scan10

Maturité et perspectives

Publication sur Biorxiv du pipeline en date du 08 Novembre 2022 :

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.11.07.515546v1

Ce projet pourrait être diffusé à des collaborateurs extérieurs afin d’obtenir un retour sur son utilisation et les résultats produits. Il pourrait également être utilisé pour de futures données single-cell à traiter par le SBDM.

Date

  • date du début du projet: Décembre 2023
  • date d’obtention des données: Décembre 2023
  • date d’obtention de l’intégralité des données: Décembre 2023
  • date souhaitée de fin du projet: Premier trimestre 2024 ?

Attentes

  • Parcourir le projet gitlab de scan10 pour en évaluer la qualité au sens global :
    • Organisation des fichiers
    • Respect des bonnes pratiques pour le développement d’un pipeline nextflow versionné
    • Qualité du code
    • etc…
  • Identifier les axes d’améliorations
  • En discuter avec un membre du SBDM pour les traiter ou les faire traiter par ce dernier

Organisation

Possibilité de réunions hebdomadaires avec le SBDM.

Transfert de compétences entre le Hub et le SBDM apprécié.